紅線調控主要是對生態保護實行分級控制，調整取水排水格局。為了構築區域生態安全體系，嚴格控制污染的區域，按照對生態保護要求的嚴格程度，將珠江三角洲劃分為嚴格保護區、控制性保護利用區、引導性開發建設區。調整取水排水格局，調整和優化各河段水功能，實現高、低用水功能之間的有序協調，確立水環境總量控制目標，確保區域持續性供水安全。到2010年，集中飲用水源水質達標率100%.並禁止在水源保護區布設排放污水項目，嚴格限制在重要集水區佈局排放污水的項目。

　　綠線提升即以調整優化產業結構，以產業的生態轉型為核心，改變高投入、高消耗、高污染的經濟增長方式，建立可持續的發展模式。在都市區建設生態屏障，嚴格限制、淘汰、禁止污染嚴重和落後的小水泥、小冶金、小鑄造、小火電等工藝和設備，或通過以大代小的辦法，實現污染集中控制。推廣清潔能源。發展太陽能、風能、潮汐能、沼氣等清潔能源和可再生能源，著手開發氫能源，並要求天然氣的使用率為28%以上。根據規劃綱要，到2010年、2020年將單位GDP物耗能耗指標降低到現狀的1/2、1/4，單位GDP污染物排放指標降低到現狀的1/3和1/6。

　　藍線建設即在環保規劃中將進行的環保工程和項目，在規劃綱要中提出了重點解決水污染問題。爭取到2020年，工業廢水排放總量控制在38億噸/年，工業用水重復率達到70%；城市污水處理率達85%以上，工業生活COD排放總量控制在69.6萬噸/年；流經城市河段和城鎮內河涌水質明顯改善，集中飲用水源水質達標率100%；城鎮污水處理率85%以上；生活垃圾實現無害化安全處置。