一、入海河口

12條主要入海河流中，58.3%的河口水質為Ⅱ∼Ⅲ類，水質優良；25.0%為Ⅳ類，受輕度污染；16.7%劣于Ⅴ類，受重度污染。漠陽江和磨刀門水道河口水質最好，均為Ⅱ類水質，深圳河口、練江河口水質較差，均劣于Ⅴ類。入海河口主要污染指標為糞大腸菌群和耗氧有機物等，九洲江河口因高錳酸鹽指數濃度升高，水質由Ⅲ類下降為Ⅳ類，水質變差。

二、近岸海域

67個近岸海域功能區水質達標率為95.5%，除深圳市外，其餘12個沿海城市近岸海域功能區均完全達標。受污染的近岸海域功能區主要位於珠江口和深圳灣海域，主要污染指標為無機氮、活性磷酸鹽和大腸菌群。