一、入海河口

12條主要入海河流中，河口水質66.7%為Ⅱ∼Ⅲ類，水質優良；16.7%為Ⅳ類，受輕度污染；16.7%劣于Ⅴ類，受重度污染。漠陽江、磨刀門水道和橫門水道河口水質最好，均為Ⅱ類水質，深圳河口、練江河口水質較差，均劣于Ⅴ類。入海河口主要污染指標為糞大腸菌群、耗氧有機物和總磷。

    與上年相比，榕江河口因糞大腸菌群和化學需氧量濃度升高，水質由Ⅲ類下降為Ⅳ類，水質變差，其他入海河口水質保持穩定。

二、近岸海域

全省近岸海域水質總體良好，67個近岸海域功能區水質達標率為92.5%，除東莞、深圳市外，其餘11個沿海城市近岸海域功能區均完全達標。受污染的近岸海域功能區主要位於珠江口海域、深圳灣和大鵬灣，主要污染指標為無機氮、活性磷酸鹽和大腸菌群。

與上年相比，全省近岸海域功能區水質達標狀況保持基本穩定，達標率上升1.5個百分點，中山近海水質好轉，深圳近海水質有所下降。