農業部規劃設計研究院姚向君等專家說，全國僅有少數畜禽養殖場建造了能源環境工程。以對畜禽場糞水污染處理力度較大的北京和上海為例，兩市採用工程措施處理的糞水只佔各自排放量的３％和４％左右。由於糞水污染問題沒有得到有效解決，大部分的規模化養殖場周圍臭氣沖天、蚊蠅成群，地下水硝酸鹽含量嚴重超標，少數地區傳染病與寄生蟲病流行。
    專家們指出，由於這些大中型畜禽養殖場大都處於經濟較發達地區以及大中城市周圍，所以它們帶來的環境污染不容忽視。但畜禽養殖場的污染治理和綜合利用遠沒有像工業污染治理那樣得到重視和支援。專家們說，近１０年來，我國畜禽養殖場能源環境工程技術發展已相對成熟，完全有能力解決大中型養殖場糞水造成的污染問題。我國對養殖場糞水污染處理和利用，主要以糞水的厭氧發酵為處理工藝，以獲取沼氣這一優質燃料。現在無論是沼氣原料研究和發酵工藝的開發，還是配套設備的研製都取得了突破性進展，涌現了很多種新型高效發酵工藝設備，工藝流程日臻完善，配套裝置大有改進，施工設備和材料出現了重大變化。農業部部分專家調查後發現，儘管治理大中型畜禽養殖場糞水污染技術取得了一系列突破，但推進這一能源環境工程的規模化和商業化，仍存在著一系列的問題和障礙。主要表現在：一是我國能源環境工程的商業化運作還處在摸索階段，已投入運行的能源工程都是政府投資，或是環保技術示範工程，並不具備綜合性的商業化示範作用。二是能源環境工程一次性投資較高，項目建設單位難以負擔。三是目前現有的能源環境工程在當時興建時，多是以沼氣生產為主要目的，並沒有考慮其他的綜合利用途徑，因此工程項目本身的經濟效益沒有得到全面體現。四是與其他的環保行業相比，能源環境工程產業發展難以適應規模化推廣的要求。
    針對我國目前能源環境工程的現狀和規模化、商業化發展所存在的障礙，專家們建議：
    第一，首先應對現有的能源環境工程進行技術梳理，找出影響沼氣技術商業化推廣所存在的技術、政策、融資、推廣服務等方面的問題，進一步進行能源環境工程技術的科研攻關，研究適合我國國情的投資省、上馬快、運行費用低、經濟效益好的沼氣技術，促進其商品化發展。然後選擇資源條件和經濟條件適宜的地點，建設商業化示範工程。
    第二， 對畜禽養殖行業的能源環境工程建設設立專項建設資金，為畜牧業環境治理提供資金保障。並積極爭取利用國外資金，進行商業化能源環境工程示範點建設和推廣研究。目前農業部正在英國工貿部進行規模化豬場商業化沼氣發電的可行性探討，並積極爭取亞洲發展銀行對規模化畜禽養殖場能源環境建設提供技術援助和資金支援。
    第三，從行業發展上，進一步加強管理隊伍、設計施工隊伍和服務隊伍的建設，促進其市場化機制的形成。
    第四，加強立法，從法律上保障能源環境工程技術的發展。制定一定的法律法規或條例，從法律上確定可再生能源的地位，保證可再生能源的發展，這是世界上許多國家的共同做法