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1、貫徹國家和地方環境保護的有關法律、法規和規章，檢查、督促《廣東省東江水系水質保護條例》和《東深供水工程飲用水源水質保護規定》的貫徹與落實。
2、監督、檢查、協調深圳、東莞兩市和東深供水工程管理機構的水污染防治工作。
3、協助處理東深流域重大的水污染事故和跨市的水污染糾紛。
4、檢查、監督東深流域內水污染治理和污水處理設施的運行情況。
5、向省人民政府、省環境保護局和省政府東深水質保護領導小組及時報告東深水質保護工作情況。
6、及時調查、分析、掌握東深供水水質狀況。
7、承辦省人民政府和省環境保護局交辦的其他工作。
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