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1.負責珠江綜合整治工作聯席會議和治污保潔工程聯席會議的日常工作。
2.協助珠江綜合整治工作聯席會議統一協調珠江流域水環境綜合整治工作；監督、跟蹤《整治珠江責任書》、《廣東省珠江水環境綜合整治方案》的實施；組織珠江綜合整治工作的考核；編制廣東省珠江水環境綜合整治工作簡報，向省領導和聯席會議彙報整治情況。
3.監督、跟蹤《治污保潔工程》的實施情況並及時向省委、省政府彙報。
4.負責全省流域水環境和海洋環境管理工作。對全省水污染進行監督檢查，組織草擬並實施水體的污染防治計劃、規劃；指導和協調解決跨行政區的重大水環境問題，對跨市河流邊界水質達標工作實施監督管理。指導、協調和監督海洋環境污染防治工作。組織編制環境功能區劃，包括近岸海域環境功能區和水環境功能區。
5.協助管理省珠江流域水質保護和治污保潔專項資金。
6.承辦省委、省政府交辦的其他事項。
7.辦理本辦公室職責範圍內的人大、政協議案、提案、建議，按分工辦理與本辦公室職責有關的行政復議和行政處罰的有關工作。 | 
