1、贯彻国家和地方环境保护的有关法律、法规和规章，检查、督促《广东省东江水系水质保护条例》和《东深供水工程饮用水源水质保护规定》的贯彻与落实。
2、监督、检查、协调深圳、东莞两市和东深供水工程管理机构的水污染防治工作。
3、协助处理东深流域重大的水污染事故和跨市的水污染纠纷。
4、检查、监督东深流域内水污染治理和污水处理设施的运行情况。
5、向省人民政府、省环境保护局和省政府东深水质保护领导小组及时报告东深水质保护工作情况。
6、及时调查、分析、掌握东深供水水质状况。
7、承办省人民政府和省环境保护局交办的其他工作。