珠江综合整治是省委、省政府作出的重大决策。三年多来，全省以空前的力度加快实施珠江综合整治工程。

2003年以来，省政府建立了珠江综合整治工作联席会议制度，先后召开6次治污保洁工程和珠江整治工作联席会议，全面部署、协调珠江整治工作。同时，将整治工作纳入了政府任期环保目标责任制，层层签订责任状，做到责任到位、措施到位、投入到位。中共中央政治局委员、省委书记张德江在2003年全省环境保护工作电视电话会议要求以珠江整治为突破口，全面推进水环境治理，再造南粤秀美河山。2005年6月，省委副书记、省长黄华华同志赴省环保局调研珠江综合整治等工作。省人大、政协也非常关注，省人大每年组织大规模的执法检查，将饮用水源保护立法列入工作计划；省政协将珠江综合整治列入参政议政重要内容。各级党委、政府也按照省的统一部署，将珠江综合整治工作提上重要日程，落实资金和人员，保障了水环境综合整治工作的有效开展。

为确保珠江整治资金投入，省财政每年安排6000万元治污保洁工程和4000万元珠江综合整治专项资金，用于补助经济欠发达地区开展整治；流域各市也根据自身财力，在年度预算中安排整治资金。

针对污水处理基础设施投入大、运营费用高等问题，广东还大胆进行产业化和市场化改革，引导社会资金投入。通过BOT（建设—运营—转让）、TOT（转让—运营—转让）模式建成污水处理厂12家，按市场化方式运行的有15家，在建的污水处理厂大多采用市场模式。同时，加快污水处理费征收，促进污水处理厂建设。流域内地级以上市均开征了污水处理费；县级以上城市污水处理费总开征率为69.4%。从2002年到2005年，短短的三年时间，珠江流域污水处理厂座数、污水处理能力、污水处理率均翻了一番以上。

珠江流域水环境复杂，珠江整治充分依靠科学，苦干加巧干，通过上下联动、部门配合取得了实效。广州、佛山两市共同制定并实施了《广州、佛山跨市水污染综合整治方案》；深圳与惠州、东莞与深圳、惠州分别就淡水河、观澜河、潼湖河等跨境污染问题专题协调，确定共同控制水污染的有关措施；珠海、中山市联合编制前山河流域污染整治方案，科学开展前山河污染整治。为促进污水处理厂建设，2004年，在省委办公厅组织下，国土、建设、环保等部门联合就国家宏观调控情况下，珠江三角洲重点地区污水处理厂建设用地难问题进行调研，提出对策建议；2004年底环保、建设等部门对全省建成污水处理厂的运行管理情况进行调查，并在此基础上着手编制《广东省污水处理厂监督管理办法》，充分发挥污水处理厂治污效能。2004、2005连续两年，省直10个厅局联合开展声势浩大的“清理整顿不法排污企业保障群众健康”专项行动，有效震慑了违法排污行为。