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外来入侵种可带来直接和间接的经济危害。保守估计，外来种每年给我国的经济带来数千亿元的经济损失。
一、 外来入侵动植物成为直接危害农林业经济发展的重大有害生物
外来入侵动植物对农田、园艺、草坪、森林、畜牧、水产等可带来直接经济危害。
水花生对水稻、小麦、玉米、红苕和莴苣5种作物全生育期引致的产量损失分别达45%、36%、19%、63%和47%（谭万忠，1994）。紫茎泽兰含有的毒素易引起马匹的气喘病，仅1979年在云南省的52个县179个乡，发病马5 015匹，死亡3 486匹，甚至造成“无马县”；牛羊也因无可食饲料种群数量锐减（刘伦辉等，1985）。广东、云南、江苏、浙江、福建、上海等省市每年都要人工打捞水葫芦，仅浙江温州市和福建莆田市1999年用于人工打捞水葫芦的费用分别为1 000和500万元，全国总的费用有多少，目前没有准确统计，至少超过1亿元，而水葫芦带来的农业灌溉、粮食运输、水产养殖、旅游等方面的经济损失更大。美洲斑潜蝇最早于1993年在海南发现，到1998年已在全国21个省市区发生面积达1300 000 hm2 以上，它寄生22个科的110种植物，尤其是蔬菜瓜果类受害严重，包括黄瓜、甜瓜、西瓜、西葫芦、丝瓜、番茄、辣椒、茄子、豇豆、菜豆、豌豆和扁豆等，目前在我国，每年防治斑潜蝇的成本高达4亿元（王福祥，1997）。被称为“松树癌症”的松材线虫病在短短十年间，疫区已扩至江浙六省，发生面积约66 000 hm2，对黄山、张家界等风景名胜区构成了巨大威胁。
 （紫茎泽兰）
在国际贸易活动中，外来种常常引起国与国之间的贸易摩擦，成为贸易制裁的重要借口或手段。近年来我国出口美国的木制包装品因光肩星天牛问题给我国的对外贸易带来了数以千万计的经济损失，引起了国家领导人的高度重视。
二、 外来有害生物通过影响生态系统而对旅游业带来损失
在云南昆明市，70～80年代建成了从市内的大观河的篆塘处-滇池-西山的理想的水上旅游线路，游人可以从昆明市内开始乘船游滇池和西山。但自90年代初，大观河和滇池中的水葫芦“疯长”成灾，覆盖了整个大观河以及部分滇池水面，致使这条旅游线路被迫取消，原来在大观河两侧的配套的旅游设施只好报废或改做他用，目前大观河已改建成地下河。
三、外来生物通过改变生态系统所带来的一系列水土、气候等不良影响从而产生间接经济损失
与直接经济损失相比，计算间接损失往往十分困难。但并不意味着间接损失不大。外来生物通过改变生态系统所带来的一系列水土、气候等不良影响从而产生的间接经济损失是巨大的。比如，大量的水葫芦植株死亡后与泥沙混合沉积水底，抬高河床，使很多河道、池塘、湖泊逐渐出现了沼泽化，有的因此而被废弃使用，由此对周围气候和自然景观产生不利变化，并加剧了旱灾、水灾的危害程度；而且水葫芦植株大量吸附重金属等有毒物质，死亡后沉入水地，构成对水质的二次污染，又加剧了污染程度，尽管这些损失难以准确计算，但却不容忽视。
四、 外来入侵种自身的经济价值
外来入侵种特别是外来植物也有一定的经济价值。水葫芦植株自身存在着许多可利用的地方。由于花穗硕大美丽，可用于观赏；植株根部能吸附重金属离子，可用于净化水质；植株体内含有一定的养分，可用做畜禽饲料；另外，水葫芦还可造纸、生产沼气、制肥，有人还试图研究它在食品、美容、一次性餐具等方面的价值。还有人企图将占水葫芦95%的水分处理后变为洁净达标的水而加以利用。也有研究利用大米草造纸、做饲料等。
然而，判断外来入侵植物如水葫芦等有用或有害应根据水葫芦的发生地点、规模、时间，并将各种利害关系、防治或利用的成本等众多因素综合考虑后，方可决定利用或防治。如果在可控制的范围内，利用水葫芦作为观赏、净化水质植物等，则可收到很好的效果；但如果不加以控制，任其蔓延泛滥，则可带来灾害。其实，世界上大多数国家（包括中国）目前水葫芦危害成灾的重要原因就在于当初不加控制的大肆引种、扩繁。而对于那些已经成灾的地方，是利用还是防治应充分考虑当地的实际情况及经济因素。以我国云南滇池为例，近年来在利用和防治水葫芦这一问题上存在着极大的分歧。持利用观点的人认为，滇池大量的水葫芦是昆明市不可多得的生物资源，他们提出要投资上千万元，购买卡车、货船，建工厂、车间，综合利用滇池水葫芦生产肥料、造纸、发电等，殊不知这种长期的项目需要源源不断的原料供应，滇池水葫芦用完后，工厂如何运转，滇池决不能成为原料基地，何况这种投资与产出的效益如何也是一大问题。国际上已有这种失败的教训。苏丹曾引进德国设备和技术综合利用水葫芦，后因成本大、收益小而失败。总之，对于那些已经连片成灾的湖泊、水库、河道、池塘等水域，迅速采取各种措施，使水葫芦的发生降低到危害程度以下并取得可持续效果，是治理水葫芦的最佳策略。
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