一、入海河口

14条主要入海河流中，64.3%河口水质为Ⅱ～Ⅲ类，水质优良；21.4%为Ⅳ类，受轻度污染；14.3%劣于Ⅴ类，受重度污染。东江和磨刀门水道河口水质最好，均为Ⅱ类水质，深圳河口、练江河口水质较差，均劣于Ⅴ类。入海河口主要污染指标为粪大肠菌群、石油类和耗氧有机物等。

二、近岸海域

67个近岸海域功能区水质达标率为95.5%，除深圳市外，其余12个沿海城市近岸海域功能区均完全达标。受污染的近岸海域功能区主要位于珠江口和深圳湾海域，主要污染指标为无机氮、活性磷酸盐和大肠菌群。