农业部规划设计研究院姚向君等专家说，全国仅有少数畜禽养殖场建造了能源环境工程。以对畜禽场粪水污染处理力度较大的北京和上海为例，两市采用工程措施处理的粪水只占各自排放量的３％和４％左右。由于粪水污染问题没有得到有效解决，大部分的规模化养殖场周围臭气冲天、蚊蝇成群，地下水硝酸盐含量严重超标，少数地区传染病与寄生虫病流行。
    专家们指出，由于这些大中型畜禽养殖场大都处于经济较发达地区以及大中城市周围，所以它们带来的环境污染不容忽视。但畜禽养殖场的污染治理和综合利用远没有像工业污染治理那样得到重视和支持。专家们说，近１０年来，我国畜禽养殖场能源环境工程技术发展已相对成熟，完全有能力解决大中型养殖场粪水造成的污染问题。我国对养殖场粪水污染处理和利用，主要以粪水的厌氧发酵为处理工艺，以获取沼气这一优质燃料。现在无论是沼气原料研究和发酵工艺的开发，还是配套设备的研制都取得了突破性进展，涌现了很多种新型高效发酵工艺设备，工艺流程日臻完善，配套装置大有改进，施工设备和材料出现了重大变化。农业部部分专家调查后发现，尽管治理大中型畜禽养殖场粪水污染技术取得了一系列突破，但推进这一能源环境工程的规模化和商业化，仍存在着一系列的问题和障碍。主要表现在：一是我国能源环境工程的商业化运作还处在摸索阶段，已投入运行的能源工程都是政府投资，或是环保技术示范工程，并不具备综合性的商业化示范作用。二是能源环境工程一次性投资较高，项目建设单位难以负担。三是目前现有的能源环境工程在当时兴建时，多是以沼气生产为主要目的，并没有考虑其它的综合利用途径，因此工程项目本身的经济效益没有得到全面体现。四是与其它的环保行业相比，能源环境工程产业发展难以适应规模化推广的要求。
    针对我国目前能源环境工程的现状和规模化、商业化发展所存在的障碍，专家们建议：
    第一，首先应对现有的能源环境工程进行技术梳理，找出影响沼气技术商业化推广所存在的技术、政策、融资、推广服务等方面的问题，进一步进行能源环境工程技术的科研攻关，研究适合我国国情的投资省、上马快、运行费用低、经济效益好的沼气技术，促进其商品化发展。然后选择资源条件和经济条件适宜的地点，建设商业化示范工程。
    第二， 对畜禽养殖行业的能源环境工程建设设立专项建设资金，为畜牧业环境治理提供资金保障。并积极争取利用国外资金，进行商业化能源环境工程示范点建设和推广研究。目前农业部正在英国工贸部进行规模化猪场商业化沼气发电的可行性探讨，并积极争取亚洲发展银行对规模化畜禽养殖场能源环境建设提供技术援助和资金支持。
    第三，从行业发展上，进一步加强管理队伍、设计施工队伍和服务队伍的建设，促进其市场化机制的形成。
    第四，加强立法，从法律上保障能源环境工程技术的发展。制定一定的法律法规或条例，从法律上确定可再生能源的地位，保证可再生能源的发展，这是世界上许多国家的共同做法