1.负责珠江综合整治工作联席会议和治污保洁工程联席会议的日常工作。
2.协助珠江综合整治工作联席会议统一协调珠江流域水环境综合整治工作；监督、跟踪《整治珠江责任书》、《广东省珠江水环境综合整治方案》的实施；组织珠江综合整治工作的考核；编制广东省珠江水环境综合整治工作简报，向省领导和联席会议汇报整治情况。
3.监督、跟踪《治污保洁工程》的实施情况并及时向省委、省政府汇报。
4.负责全省流域水环境和海洋环境管理工作。对全省水污染进行监督检查，组织草拟并实施水体的污染防治计划、规划；指导和协调解决跨行政区的重大水环境问题，对跨市河流边界水质达标工作实施监督管理。指导、协调和监督海洋环境污染防治工作。组织编制环境功能区划，包括近岸海域环境功能区和水环境功能区。
5.协助管理省珠江流域水质保护和治污保洁专项资金。
6.承办省委、省政府交办的其他事项。
7.办理本办公室职责范围内的人大、政协议案、提案、建议，按分工办理与本办公室职责有关的行政复议和行政处罚的有关工作。