（1）指导全省水污染防治工作，拟定和监督实施水污染防治和水质保护的法律、法规、规章和政策。

（2）负责编制并组织实施水环境保护规划，拟定水环境功能区划（专项）。

（3）监督管理全省水污染防治和水环境保护，监督饮用水水源地环境保护工作。

（4）指导、协调和监督海洋环境保护工作，监督管理海岸工程、陆源污染、拆船等海洋环境污染防治工作。

（5）建立和组织实施跨市水体断面水质考核制度。

（6）协调解决重大和跨区域的水环境污染问题。

（7）负责珠江综合整治工作联席会议的日常工作；监督、跟踪《整治珠江责任书》、《广东省珠江水环境综合整治方案》的实施；负责珠江综合整治考核工作。

（8）承办厅党组交办的其它事项。