2006年3月29日，《关于印发广东省环境保护综合行政执法方案的通知》（粤机编[2006]6号）（下简称《通知》）由省机构编制委员会正式印发全省，我省环保综合行政执法改革工作从4月起组织实施。此次改革力度大、内容多、涉及面广，理顺了环境执法体制，强化了环境监察机构，解决了困扰我省环境执法多年的一些深层次问题，对于提高我省环境执法能力，保障环境安全具有重要意义。

根据《通知》，全省将设置省、市、县三级环保综合行政执法机构，名称规范为“环境监察处、科、股”。同时，省级加挂“环境监察分局”牌子，正处级建制，分局局长可由副厅级干部担任；地级市加挂“环境监察分局”牌子，正科级建制，分局局长可由副处级干部担任；县（市、区）加挂“环境监察分局”牌子，正股级建制，分局局长可由副科级干部担任。东江流域专设“广东省环境保护局环境监察分局东江监察局”，副处级建制，加强流域综合执法力度。广州、深圳市参照方案，结合各自实际决定。以上机构实行行政执法专项编制，执法所需费用纳入同级财政预算，执行“缴罚分离”、“收支两条线”制度，收费及罚没收入按规定全额上缴财政。

《通知》要求，清理、整合省、市、县环境保护行政主管部门及其所属执法机构（队伍）、事业单位的水环境、大气环境、声环境、海洋环境、辐射环境、放射源、固体废物污染防治监督管理等方面的监督监察、行政处罚、行政强制以及排污费核定征收等职能，交由各级环境保护综合行政执法机构承担。实行环境保护综合执法后，环境保护行政主管部门的其他内设机构及事业单位不再承担行政执法职能，原承担执法职能的事业单位，要结合综合行政执法、事业单位改革进行职能调整、整合或者撤销。综合行政执法改革工作将于今年底检查验收。